Theo báo Kinh tế và Đô thị, lễ hội Ná Nhèm đã có khi con cháu nhà Mạc mong muốn khôi phục vương triều trong thời kỳ hậu Cao Bằng (1677). Hình ảnh của sinh thực khí nam (tàng thinh) và nữ (mặt nguyệt) là biểu trưng cho khát vọng trường tồn của dòng họ. Bấy giờ, dòng họ Mạc đã phải thay tên, đổi họ thành họ Hoàng, họ Bế – con cháu nhà họ Mạc – trước họa tru di. Để được tiếp tục sinh sôi, nảy nở, dòng họ này đã vác sinh thực khí nam và nữ đi cúng vua để mong vua che chở cho dòng họ sinh sôi, nảy nở.[3]

Vào năm 2012, lễ hội đã được phục dựng và tổ chức thường niên trở lại.[7][8] Trước đó, lễ hội đã bị gián đoạn khoảng 50 năm.[5] Đến ngày 8 tháng 6 năm 2015, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã ban hành Quyết định số 1877/QĐ-BVHTT&DL công nhận lễ hội Ná Nhèm là di sản văn hóa phi vật thể Quốc gia.[1][7] Hiện nay, đây là lễ hội duy nhất tại Việt Nam mà con cháu nhà Mạc được hô vạn tuế với vua tổ của mình; lễ hội duy nhất sử dụng mô hình khí giới để diễn trò và là lễ hội duy nhất đem sinh thực khí nam nữ đi cúng vua.[3]